Действительно в соответствии с ч. 12 ст. 91 Федерального закона «Об образовании в Российской Федерации» лицензирующий орган принимает решение о возврате соискателю лицензии или лицензиату заявления и прилагаемых к нему документов с мотивированным обоснованием причин возврата наряду с установленными законодательством Российской Федерации о лицензировании отдельных видов деятельности случаями при наличии у лицензиата неисполненного предписания федерального органа исполнительной власти, осуществляющего функции по контролю и надзору в сфере образования, или органа исполнительной власти субъекта Российской Федерации, осуществляющего переданные Российской Федерацией полномочия по государственному контролю (надзору) в сфере образования.

В соответствии с п. 9 ч. 1 ст. 6 и п. 1 ч. 1 ст. 7 Федерального закона № 273-ФЗ полномочия по государственному контролю (надзору) рассматриваются как отдельные полномочия федеральных органов государственной власти в сфере образования или полномочия Российской Федерации в сфере образования, переданные для осуществления органам государственной власти субъектов Российской Федерации, которые  не входят в полномочия по лицензированию образовательной деятельности.

Государственный контроль (надзор) в сфере образования включает в себя федеральный государственный контроль качества образования и федеральный государственный надзор в сфере образования (ч. 1 ст. 93 Федерального закона № 273-ФЗ). Таким образом, лицензионный контроль не входит в содержание государственного контроля (надзора) в сфере образования, а является, согласно п. 1 ст. 3 Федерального закона от 4 мая 2011 г. № 99-ФЗ «О лицензировании отдельных видов деятельности», составляющей лицензирования.

Таким образом, в п. 3 ч. 12 ст. 91 Федерального закона № 273-ФЗ под неисполненным предписанием федерального органа исполнительной власти, осуществляющего функции по контролю и надзору в сфере образования, или органа исполнительной власти субъекта Российской Федерации, осуществляющего переданные Российской Федерацией полномочия по государственному контролю (надзору) в сфере образования, понимается неисполненное предписание выданное именно в случаях выявления соответствующих нарушений в рамках процедуры государственного контроля (надзора) в сфере образования, но не лицензионного контроля.  Наличие предписания об устранении выявленных нарушений лицензионных требований не является основанием для возврата соискателю лицензии или лицензиату заявления.

В случае же, если предписание было выдано на основании выявления нарушения требований законодательства об образовании в части работы без лицензии и содержало требование об его устранении путем обращения в лицензирующий орган с заявлением о лицензировании соответствующей образовательной деятельности (например, новой образовательной программы), то представляется, что такое предписание является исполненным в момент подачи соответствующего заявления о предоставлении или переоформлении лицензии и не может являться основанием для возврата такого заявления.